本校於民國99年8月改名為《國立金門大學》，改大後設立體育室，歷年來致力於營造健康活力的校園，每學期開設多種運動相關課程提供師生參與廣受好評，且活躍的生活氣氛影響整個金門地區，直接間接吸引多數的社區民眾參與本校各項運動休閒推廣課程，提昇運動參與人口。藉由本計劃的實施將運動健康促進的理念落實層面更加寬廣，並在現有的良好基礎下深化健康的理使本校邁向「全人健康」的校園環境。本室設置主任一人，現由運動與休閒學系林本源教授擔任，下設體育教學組由呂昊穎副教授擔任、場地經營組由陳華恒專案教師擔任、競賽活動組由蔡佈曦副教授擔任，負責規劃學校體育及賽會活動、運動代表隊訓練及場地器材管理維護等事宜，旨在提升本校校園運動風氣與運動代表隊競技運動實力，且妥善活化與管理各運動設施，以提供教職員工生及社會大眾更優質化、多元化的運動、休閒、友善的環境，進而活化校園運動、健身及造福人群之目標。讓健康習慣從生活中養成，藉由整合社區資源共同創造出健康生活的價值。
　　本校體育運動場館核心設施有50公尺室內溫水游泳池、體適能中心、舞蹈教室、壁球教室、空氣射擊館、綜合體育館（包含籃球、排球及羽球場）及桌球室，附屬服務設施有淋浴間、茶水間、會議室及行政服務辦公室。整體而言，雖然擁有良好的運動及硬體設施。但相關的內部軟體設施及服務品質尚未完善，仍需要充實。除器材與空間維護外，於非上課時段對外營運，服務金門縣民前來運動，並且開設多元化運動課程，並協助舉辦校內外各項體育活動推展。學校歷年來參與國內外各項運動競賽之成效，在校長及全體體育教師們的帶領下，多次參與全國大專院校運動會、大專籃球聯賽、全國各級學校拔河錦標賽、台灣帆船賽、兩岸龍舟賽、廈門環島獨木舟賽、木球隊更遠征歐洲匈牙利、外蒙古、馬來西亞、泰國、新加坡、大陸北京、寧波等各項賽會表現優異。並於教育部民國93年體育訪視中榮獲「優等」及100年體育評鑑榮獲「優等」，體育運動發展績效深受國內、外體育人士之讚許。歷年體育運動績效，如表所示。
　　身心健康是一切生活保障的基礎，強健體能是促進健康的重要元素，養成規律性的運動習慣亦是提昇健康體能的重要途徑。因此，本校除了開設許多運動與休閒及體適能課程與活動的推廣，提昇全校師生之體能。同時，協助師生實施體適能檢測，建立個人體能資料庫，做為開立個人運動處方的依據。將健康體適能資料保存下，並且持續服務與追蹤，為師生建立完整的健康體能的紀錄。本校自100年教育部12國教體適能檢測站計畫之始，即為金門地區承辦的學校，成效良好。累計檢測人數已達數千人次，檢測經驗豐富、制度完善，同時已確立公平公正的檢測站標準辦法及標準流程。並延續教育部體育署國民及樂活體適能檢測業務，將服務對象擴大至20至65歲以上民眾，對於檢測站得設置與服務已具備相當經驗，並且建置完成金門縣健康體適能常模。
　　本校體育室不僅已建立檢測、評估、運動處方及資料管理的機制，更營造全方位的運動環境與文化，使學生養成規律運動習慣，增加運動保健的知能，強化學生的體適能，將有助於心理健康，以及壓力與情緒紓解。對於體育教師之教學與專業知能，透過不定期舉辦之教學研討會、教學觀摩和新課程發表，亦能有所提昇本校秉持社會責任服務社區與專業服務熱忱，以帶動地方民眾休閒、增進健康生活品質的整體滿意度為努力之志職。因此，本校體育室與運動與休閒學系，期望藉由增設「國民健康休閒運動中心」的建置，活絡學校與社區體適能教育互動提供周邊社區民眾進行體適能檢測、運動處方及開辦體適能相關講座，以發揮敦親睦鄰的效果。透過職場員工參與及執行的模式，群策群力合作，帶動職場各級單位及社區人士體驗健康體能與飲食對生活之影響，以經營一個優質健康的職場生活與社區，共創美好的未來。